Avdelingen er delt inn tre enheter:

  • Barnemedisin
  • Nyfødtmedisin
  • Enhet for poliklinikker, dagbehandling og barnehabilitering

I tillegg drives det barnepoliklinikk i Vesterålen, ved at en overlege fra barneavdelingen er der to dager hver uke. Denne barnepoliklinikken er organisert under medisinsk klinikk, mens det er barneavdelingen som har det faglige ansvaret.

Barneavdelingen er en del av kvinne/barn-klinikken i Nordlandssykehuset HF.